Medisinen brukes til å senke blodsukkeret. Den brukes av dem som har diabetes type 2.
I fjor fikk over 122.000 diabetikere medisinen på resept.
Nå er flere apotek tomme for medisinen.
– Dette er uheldig midt i sommerferien. Mange tusen mennesker kan bli påvirket, sier Steinar Madsen i Legemiddelverket til nettstedet Dagens Medisin.
Leger får lov til å skrive ut andre medisiner mot diabetes type 2. Det gjelder fram til pasientene kan få Metformin igjen.
Mangelen er ventet å vare til 10. september.